La medicina personalizzata si basa su un percorso di presa in carico costruito intorno alla specificità del singolo individuo (quadro clinico e sociale, esigenze personali etc). Perchè questo approccio sia attuabile e per poterne monitorare gli esiti, è fondamentale avere la possibilità di tracciare, attraverso i dati, l'intero percorso del paziente.
Questa possibilità trova delle barriere legate al consenso fornito dal paziente, che generalmente prevede un perimetro di utilizzo dei dati molto ristretto, legato alla specifica prestazione per la quale viene ottenuto. Ad esempio, il personale sanitario di uno stesso centro potrebbe non avere a disposizione tutti i dati del paziente. Ancora più frequentemente, il problema si presenta in caso di prestazioni erogate in strutture e regioni diverse.
Inoltre, in caso di profilazione genomica, i dati possono riguardare il corredo genetico di una persona e quindi non soltanto il singolo individuo ma anche i suoi familiari, che potrebbero non aver dato alcun consenso.

I cittadini non possono beneficiare di una presa in carico integrata da parte dei diversi nodi del percorso di cura, poichè il personale sanitario non ha una visione completa dei dati sanitari relativi ai pazienti assistiti.

Il Sistema perde l'opportunità di fare un utilizzo secondario efficace dei dati sanitari, che potrebbe essere molto utile sia a fini di cura, che di ricerca e di programmazione sanitaria.
A questo riguardo va anche considerato che anonimizzando i dati non è possibile risalire al paziente, quindi si perde l'opportunità di monitorare specifici pazienti o coorti di pazienti nel tempo.

I privati non hanno la possibilità di analizzare in modo accurato il contesto nel quale le proprie soluzioni si inseriscono e questo comporta scarsa accuratezza nelle informazioni di contesto (es. dimensione della popolazione, unmet need, epidemiologia).

Apparentemente queste limitazioni danneggiano tutte le parti coinvolte nel Sistema Sanitario.